Marvel Ultimate Alliance, un RPG de acción lanzado en 2006, permitía controlar a 140 villanos y héroes. La versión de Wii podría haber incluido a Link de The Legend of Zelda y a Samus de Metroid, pero Nintendo se negó a prestar a sus personajes. Jason Harlow, un artista sénior de Vicarious Visions, mostró imágenes de ambos personajes en los escenarios del juego. A pesar de la negativa de Nintendo, hay evidencias de que la inclusión de estos personajes estuvo cerca de hacerse realidad. La decisión de Nintendo se debió a su celosía por sus propiedades intelectuales. El juego fue publicado en todos los sistemas posibles y permitía combinaciones únicas de personajes. La inclusión de Link y Samus hubiera sido una novedad interesante para los fans de los superhéroes y los juegos de Nintendo.